Historia de la Institución:

El 23 de enero de 1963 fue fundado el Comité Menonita de Acción Evangélica y Social en el Paraguay, con el patrocinio de las Iglesias Evangélicas Menonitas del Chaco Central, de la región Oriental del Paraguay y de Norteamérica. Con el tiempo quedaron solamente las Iglesias del Paraguay, y en la actualidad el Comité está disuelto. Su función fue siempre la tarea de evangelización como prioridad, aunque también realizó trabajo social, y en éste ámbito fundó dos Instituciones Educativas: La Escuela Privada Evangélica Pestalozi de Cambyretá en 1956, La Escuela Privada Mennonita del Cerro en Villa Hayes, en 1965.

La Escuela Privada Evangelista del Cerro fue creada por Resolución N° 67 del Ministerio de Educación y Culto (en aquel entonces) el 03 de abril de 1965.  En el año 1984, por Resolución N° 1292 de la Dirección del Departamento de Enseñanza Media del Ministerio de Educación y Culto de fecha 29 de junio, se autoriza la apertura del Liceo Privado con la denominación de Colegio Evangélico Menonita y se habilita el funcionamiento del Primer Curso del Ciclo Básico, reconociendo en carácter de Director y Secretario a los profesores Héctor Laureano Aguilera Rojas y Cornelio Boschmann. A partir del mismo año fueron habilitándose del 1° al 6° Curso, hoy día 7° al 9° Grado de la Educación Escolar Básica y 1° al 3° Curso de la Educación Media, ambas instituciones pasaron a ser patrimonio de la Iglesia Evangélica Menonita “El Sembrador” desde el año 1998.

Posteriormente por Resolución N° 1304 del 11 de octubre de 1999 la Escuela Privada Evangelista del Cerro se designa con el nombre de Escuela Básica N° 1240 Centro Educacional Evangélico Menonita de carácter privado. Y por Resolución N° 1292 del 19 de junio de 2012 se cambia la categoría de Privada a Privada Subvencionada denominándose así la Escolar Básica: Escuela Básica N°1 240 Privada Subvencionada Centro Educacional Evangélico Menonita.

La Resolución N° 45 de fecha 25 de marzo de 2014 dispone el cambio de denominación de Colegio Evangélico Menonita a Colegio Privado Evangélico Menonita, a partir del año 1989, además establece el cambio de la denominación de Colegio Privado Evangélico Menonita a Centro Educacional Evangélico Menonita, a partir del año 1998, en carácter privado. En el mismo año, por Resolución N° 81 de fecha 05 de mayo, en su art. 1 dispone el cambio del turno tarde al turno mañana del 1°, 2° y 3° Cursos de la Educación Media en esta institución.

En la actualidad, a más de 50 años de su creación y normal funcionamiento en la localidad, se erige como una institución renombrada por la calidad de su enseñanza caracterizada por el enfoque cristiano.

Pasó a ser patrimonio de la Iglesia Evangélica Menonita ¨El Sembrador¨, desde el año 1998, convirtiéndose ésta en la entidad encargada de la administración y orientación educativa de la misma.